انطلاقا من رؤية ورسالة البرنامج، فإن برنامج المعلوماتية الطبية يهدف إلى اعداد أجيال من المتخصصين المتميزين في مجال المعلوماتية الطبية وبالأخص ما يلي:

1. تعميق الفهم والمعرفة لعلم المعلوماتية الطبية وتقنياتها.
2. توفير فرص البحث في مجال المعلوماتية الطبية.
3. اعداد متخصصين في تصميم التطبيقات الابتكارية وتعزيز التكنولوجيات الجديدة لتحسين الرعاية الصحية.
4. اكتساب الخريج المهارات العلمية والنظرية والقدرات التقنية للتعامل مع المنظمات والمؤسسات والشركات التي تهتم ببرنامج وبحوث الخدمات الصحية.
5. اعداد كوادر متخصصة وذات كفاءة عالية في جمع واكتشاف وتحليل بيانات السجلات الطبية بما يخدم البحث العلمي ويساعد مختلف الجهات في تحقيق رعاية صحية متكاملة.
6. إعداد خريجين لهم القدرة العالية على المنافسة في المؤسسات المحلية والاقليمية والعالمية في هذه التخصصات الجديدة بحيث يكون لديهم القدرة على تحليل وتصميم تطبيقات المعلوماتية الطبية.
7. تقديم برنامج يعتمد على نظام الساعات المعتمدة المعروفة عالميا الذي يتيح للطلاب الدراسة حسب قدراتهم وميولهم واهتماماتهم.
8. توفير مساحة أكبر للطلاب للتدريبات العملية والمعملية التي تواكب متطلبات العمل في جميع المؤسسات.
9. ابراز وتمكين الطلاب المميزين علميا من تحقيق طموحاتهم العلمية.
10. اعداد خريجين مدركين لأهمية التعلم المستمر للتقدم في حياتهم المهنية.